南京工程学院是一所以工科为主的全日制普通本科高等院校，拥有较为完善的学科体系和专业布局。以下是南京工程学院的一些王牌专业：

1. 机械设计制造及其自动化专业：该专业是南京工程学院的王牌专业之一，也是学校的重点建设专业之一。该专业培养的学生具备扎实的机械工程基础知识，掌握机械设计、制造、测试等方面的基本技能，能够在机械设计、制造、应用、研究等领域从事相关工作。
2. 电气工程及其自动化专业：该专业是南京工程学院的另一个王牌专业，也是学校的重点建设专业之一。该专业培养的学生具备扎实的电气工程基础知识，掌握电力系统分析、设计、运行、维护等方面的基本技能，能够在电力工程、自动化、智能控制等领域从事相关工作。
3. 电子信息工程专业：该专业是南京工程学院的王牌专业之一，也是学校的重点建设专业之一。该专业培养的学生具备扎实的电子信息工程基础知识，掌握电子电路设计、数字信号处理、通信原理等方面的基本技能，能够在电子信息工程、计算机应用等领域从事相关工作。
4. 建筑电气与智能化专业：该专业是南京工程学院的王牌专业之一，也是学校的重点建设专业之一。该专业培养的学生具备扎实的建筑电气基础知识，掌握建筑电气系统的设计、安装、调试、运行等方面的基本技能，能够在建筑电气设计、施工、维护等领域从事相关工作。
5. 自动化专业：该专业是南京工程学院的另一个王牌专业，也是学校的重点建设专业之一。该专业培养的学生具备扎实的自动化基础知识，掌握控制理论、信号处理、机器学习等方面的基本技能，能够在自动化、智能控制等领域从事相关工作。

除了以上五个王牌专业外，南京工程学院还拥有多个特色鲜明的专业和优势学科。