南京工程学院最好的专业是电气工程及其自动化专业。

电气工程及其自动化专业是南京工程学院的王牌专业，该专业拥有优秀的师资力量、先进的教学设备和实践教学基地，具有很高的教学水平和科研实力。该专业培养的学生具备扎实的电气工程基础理论、专业技能和实践能力，能够在电力、电子、自动化等领域从事设计、研发、运行和管理等方面的工作。

该专业的教学内容涵盖了电气工程领域的各个方面，包括电力系统分析、电机控制、电力电子技术、自动控制原理、电力系统保护与控制等课程。同时，该专业还注重学生的实践能力和创新能力的培养，学生可以通过参加实验、课程设计、科研项目等方式来提高自己的实践能力和综合素质。

南京工程学院电气工程及其自动化专业在国内外享有很高的声誉，该专业的学生可以获得丰富的实践机会和国际交流机会，为未来的职业发展打下坚实的基础。