系统理论专业是一门涉及数学、物理学、计算机科学等多个学科的综合性学科，主要研究系统的结构、行为、控制与优化等问题。在考研时，考生需要掌握以下科目：

1. 数学基础：高等数学、线性代数、概率论与数理统计等，这些数学基础知识是系统理论的重要基础，是后续学习的必备知识。
2. 物理学基础：大学物理、力学、电磁学等，这些物理基础知识是系统理论的重要基础，是后续学习的必备知识。
3. 计算机科学：计算机科学基础、算法设计、数据结构、操作系统等，这些计算机科学知识是系统理论的重要基础，是后续学习的必备知识。
4. 系统理论：系统理论的基本概念、系统分析、系统设计、系统实现等，这些系统理论知识是考研的核心内容，是后续学习的必备知识。
5. 数据分析：数据分析的基本概念、数据预处理、数据分析方法等，这些数据分析知识是考研的补充内容，是后续学习的必备知识。

需要注意的是，不同学校和专业的考试科目可能有所不同，考生应该根据自己所报考的学校和专业来选择相应的考试科目。