盐城工学院是一所位于江苏省盐城市的工科院校，其最好的专业包括以下几个：

1. 机械设计制造及其自动化：该专业是盐城工学院的传统优势专业之一，具有较高的教学质量和较强的科研实力。该专业注重机械设计、制造、自动化等方面的知识，培养的学生具有扎实的机械工程基础和较强的实践能力。
2. 电子信息工程：该专业是盐城工学院新兴的工科专业之一，也是学校的重点发展专业之一。该专业注重电子信息技术、通信技术、计算机技术等方面的知识，培养的学生具有扎实的电子工程基础和较强的实践能力。
3. 计算机科学与技术：该专业是盐城工学院的传统优势专业之一，具有较高的教学质量和较强的科研实力。该专业注重计算机科学、软件工程、人工智能等方面的知识，培养的学生具有扎实的计算机科学基础和较强的实践能力。
4. 土木工程：该专业是盐城工学院的传统优势专业之一，具有较高的教学质量和较强的科研实力。该专业注重土木工程、建筑工程、交通工程等方面的知识，培养的学生具有扎实的土木工程基础和较强的实践能力。
5. 自动化：该专业是盐城工学院新兴的工科专业之一，也是学校的重点发展专业之一。该专业注重自动化技术、控制工程、计算机技术等方面的知识，培养的学生具有扎实的自动化基础和较强的实践能力。

除了以上五个专业外，盐城工学院还有许多其他优秀专业，如材料科学与工程、能源与动力工程、环境工程、建筑学等。这些专业在不同领域都有着广泛的就业前景和应用前景。