温州医科大学仁济学院医学一系开设的主要专业有：临床医学（5+3一体化）、临床医学（5年制）、临床医学（儿科学方向）、临床医学（眼耳鼻喉科学方向）、临床医学（精神医学方向）、临床医学（神经外科方向）、口腔医学、麻醉学、护理学和医学检验技术等。

其中，临床医学（5+3一体化）为一体化临床医学专业，前5年进行普通高等教育本科教育，后5年进行住院医师规范化培训；临床医学（5年制）为普通高等教育五年制本科专业；临床医学（儿科学方向）和临床医学（眼耳鼻喉科学方向）为专业方向；临床医学（精神医学方向）和临床医学（神经外科方向）为特色专业方向；口腔医学、麻醉学、护理学和医学检验技术等专业均为温州医科大学优势学科专业。

此外，温州医科大学仁济学院医学一系还设有医学实验技术教研室，承担着医学系各专业的《医学实验技术》课程。该课程旨在培养学生掌握常用实验技术和科研方法，提高其实验设计、实验操作、数据分析、文献检索和论文撰写能力，培养具有创新精神和创新能力的医学高级人才。

温州医科大学仁济学院医学一系注重实践教学，建有基础医学综合实验室、临床技能模拟中心、康复治疗技术实训中心、口腔综合实训中心等4个现代化实验室和附属医院。附属医院包括温州医科大学附属第一医院、第二医院、第三医院、第四医院、第五医院和第六医院等7所三级甲等综合性医院，教学条件优越，师资力量雄厚。