城市轨道交通运营管理专业是学校的特色专业之一，是福建省唯一的城市轨道交通类人才培养基地。园林技术专业是学校的重点专业，是福建省唯一获得全国高职高专教育专业骨干教师培训基地称号的专业。建筑工程技术专业是学校的优势专业，具有省级精品课程《建筑工程计量与计价》和《建筑工程质量与安全管理》。
此外，会计专业是学校的传统专业，是福建省示范专业；早期教育专业是学校的特色专业之一，是福建省精品专业；旅游管理专业是学校的重点专业，是福建省服务产业特色专业；软件技术专业是学校的优势专业，具有省级精品课程《Java语言程序设计》和《软件测试技术》；电子商务专业是学校的特色专业之一，是福建省服务产业特色专业；食品生物技术专业是学校的重点专业，具有省级精品课程《生物传感器与免疫分析》；电力系统自动化技术专业是学校的传统专业，是福建省示范专业；计算机应用技术专业是学校的特色专业之一，具有省级精品课程《数字电子技术基础》和《计算机组成原理》。
总的来说，厦门城市职业学院的王牌专业包括城市轨道交通运营管理、园林技术、建筑工程技术、会计、早期教育、旅游管理、软件技术、电子商务、食品生物技术、电力系统自动化技术、计算机应用技术等专业。这些专业都是学校的优势和特色专业，具有较高的教学质量和先进的教学设施。
