常州工程职业技术学院的热门专业是生物化工技术，该专业培养具有扎实的生物化工、制药工程和化学工程基本理论知识，具备生物化工、制药技术工程应用与开发研究和生产管理基本能力的高级专门人才。

学院注重优秀传统工科专业的传承与发展，实施“院系专业建设龙头工程”和“重点学科提升工程”，建成教育部“全国高校毕业生就业工作先进集体”，15个专业与200余家企业开展深度校企合作，实施“三进两突出”育人工作模式，打造“学业生涯规划与职业发展”课程，深入推进“三三制”创新创业教育改革，构建“3+3”实践教学体系，实现以赛促教、以赛促学、以赛促改、以赛促建，持续推进课程思政和“课程思政”示范课程建设。

学院有中央财政支持专业、国家教育部生产性实训基地、江苏省高校品牌专业、江苏省高校重点专业、江苏省产教融合实训平台、江苏省协同创新中心和江苏省重点实验室等国家和省级以上平台13个，省、市级以上大学生实践教育基地、协同创新中心、科技创新平台和技能鉴定站等35个。