武汉工程科技学院最好的专业是计算机科学与技术专业。该专业依托学院“以工为主，工、管、经、文、法、艺等多学科协调发展”的办学优势，积极开展教学和科研工作，不断推进学院教育教学的改革，形成了鲜明的办学特色。

计算机科学与技术专业致力于培养具备扎实的计算机基础理论知识，掌握计算机应用技术的基本原理、基本方法和基本技能，并能在科研、教育、企事业等领域从事计算机软件、硬件及应用方面工作的工程技术人才。该专业以“卓越工程师教育培养计划”为引领，以“产学合作教育”为平台，注重学生工程实践能力和创新能力的培养。

此外，该专业还拥有一个优秀的师资队伍，包括一批来自国内外知名高校和企业的教授、专家和学者，他们具有丰富的工程实践经验和教学经验，能够为学生提供全方位的教学指导和实践机会。

综上所述，武汉工程科技学院最好的专业是计算机科学与技术专业，该专业在教育教学、师资队伍和实践机会等方面都具有明显的优势，是一个值得推荐的专业。