济宁医学院是一所以医学为主干，医学、工学、理学相结合的多科性高等医学院校。学校设有18个教学单位，开设本科专业31个，涵盖医学、工学、理学三个学科门类。

在本科专业中，济宁医学院设有临床医学、医学影像学、麻醉学、医学检验技术、生物医学、口腔医学、护理学、信息管理与信息系统、中药学、生物工程、食品科学与工程、生物制药、中医学、针灸推拿学、藏医学、中医康复学、中药资源与开发、预防医学、口腔医学技术、医学信息工程、生物信息学、动物医学等本科专业。此外，学校还设有11个专业硕士学位授权点：内科学、影像医学、外科学、肿瘤学、护理学、药剂学、中药学、临床医学博士授权一级学科。

专科专业方面，济宁医学院设有护理、医学影像技术、医学检验技术、中药学、针灸推拿等专业。

济宁医学院致力于培养德智体美全面发展，具有社会责任感、创新精神和实践能力的高素质医学人才，为国家的医疗卫生事业做出贡献。