济宁医学院本科专业共有15个，分别为：临床医学、中医学、口腔医学、护理学、生物技术、生物信息学、医学影像学、麻醉学、医学检验技术、预防医学、食品质量与安全、精神医学、针灸推拿学和中医康复学。其中，中医学和临床医学专业为国家级特色专业建设点，生物技术专业为山东省品牌特色专业。

济宁医学院济宁校区专业主要有护理学专业、生物技术专业、生物信息学专业、医学影像学专业、麻醉学专业、医学检验技术专业、预防医学专业、食品质量与安全专业和精神医学专业。其中，护理学专业为山东省特色专业。

济宁医学院是一所以医学为主干学科的省属全日制普通高等医学院校，是全国首批开设本科医学影像学专业的五所高等医学院校之一。学校设有15个二级学院，拥有5个一级学科硕士学位授权点、20个二级学科硕士学位授权点，5个山东省重点学科，6个山东省重点实验室，2个山东省国际科技合作基地，5个山东省工程技术研究中心，1个山东省国际科技合作基地，4个青岛市重点实验室。学校拥有1个本科专业——生物技术，并设有济宁医学院附属医院、济宁第一人民医院等附属医院。