1. 运动科学与健康学院：该学院致力于培养具有运动训练、健身指导、体育康复等方面的专业人才，主要开设运动人体科学、体育测量学、运动营养学、运动心理学等课程。
2. 体育艺术学院：该学院注重体育与艺术的结合，致力于培养具有艺术表现和体育竞技能力的综合型人才，主要开设体育舞蹈、体操、游泳、羽毛球等课程。
3. 体育传媒学院：该学院致力于培养具有体育新闻传播、媒体制作、体育赛事解说等方面的专业人才，主要开设体育新闻学、体育传播学、体育赛事解说等课程。
4. 运动训练学院：该学院致力于培养具有高水平运动训练和竞赛能力的专业人才，主要开设田径、游泳、篮球、足球等课程。
5. 休闲体育学院：该学院注重休闲娱乐与体育的结合，致力于培养具有休闲娱乐与体育竞技能力的综合型人才，主要开设高尔夫、保龄球、滑水等课程。
除了以上院系，南京体育学院还设有公共管理学院、经济管理学院、研究生院等院系。
南京体育学院的专业排名因评价标准不同而有所差异，但总体来说，运动训练、社会体育指导与管理、休闲体育、武术与民族传统体育是南京体育学院的特色专业。其中，运动训练专业是南京体育学院的王牌专业之一，培养目标是培养具有较高运动技术水平，能够从事运动训练和竞赛工作的专业人才；社会体育指导与管理专业则注重培养具有社会体育指导、管理、咨询等方面的专业人才；休闲体育专业则致力于培养具有休闲娱乐与体育竞技能力的综合型人才；武术与民族传统体育专业则注重培养具有武术、散打、跆拳道等传统武术技能的专门人才。
