1. 食品科学与工程：该专业是学院的王牌专业之一，被认定为国家一流本科专业建设点、国家级特色专业建设点、吉林省“十二五”特色高水平专业，并拥有国家级一流本科课程1门。该专业培养具有食品科学、食品营养与安全、食品工程原理、食品工艺学、食品保藏方法等方面的知识和技能，能在食品领域从事科学研究、工程设计、产品开发、质量控制、国内外贸易和监督管理等方面工作的食品科学与工程学科的高级工程技术人才。
2. 财务管理：该专业是学校的重点专业之一，被认定为吉林省特色高水平专业群。该专业培养德智体美劳全面发展，掌握财务管理基本理论和实际操作技能，具备会计核算能力、财务分析能力、投资决策能力、税务筹划能力等，能在工商企业、金融机构从事财务管理工作的应用型人才。
3. 计算机科学与技术：该专业是学校的优势专业之一，被认定为吉林省“十三五”特色高水平专业建设点。该专业培养德智体美劳全面发展，掌握计算机科学理论、计算机软硬件系统与应用技术、计算机网络技术等方面的知识和技能，能在科研机构、教育部门、企事业等单位从事计算机教学、科学研究、应用开发和管理工作的计算机科学与技术学科的高级工程技术人才。
除了以上三个专业外，吉林工商学院还有许多其他知名的专业，如经济学、国际经济与贸易、会计学、市场营销、人力资源管理等等。这些专业都是在学校的多年发展中逐步发展起来的，具有一定的学科优势和学术声誉。
