新疆工程学院是一所位于中国新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市的应用技术型大学。根据往年的录取数据，我们可以得知该学校在高考录取分数线上的最低位次。

首先，我们需要了解该学校所在地区的招生政策。由于新疆是一个多民族、多文化的地区，招生政策相对较为特殊。一般来说，少数民族考生在录取时享有加分政策，而汉族考生则没有加分。此外，对于一些特殊的专业，如医学、师范等，可能会有额外的录取限制。

接下来，我们需要了解该学校往年的录取分数线和最低位次。根据往年的数据，我们可以得知该学校在去年的录取分数线为文科400分，理科364分，对应的最低位次分别为99931和79347。

因此，我们可以得出结论：新疆工程学院在高考录取分数线上的最低位次分别为文科99931和理科79347。需要注意的是，这些数据仅供参考，具体录取分数线和最低位次还需根据每年的招生政策和实际情况进行评估。