广州医科大学现有14个教学院（部），开办本科专业26个，其中国家级一流本科专业建设点2个、国家级特色建设专业1个、国家级一流本科专业建设名单2个、国家卓越医生计划项目专业1个、国家综合改革试点专业1个、国家重点学科1个、国家临床重点专科6个、国家卫计委“十四五”规划医学重点学科2个、广东省高水平大学重点学科4个、广东省一级学科重点学科8个、广东省二级学科重点学科5个、广东省名牌专业5个、广东省“冲一流”建设学科1个，广东省“211工程”重点建设学科3个，广东省“十二五”期间高水平大学重点学科建设学科2个，广东省“攀峰学科”1个，广东省“优势学科”3个。
2019年10月，广州医科大学5个学科在全国医学领域学科评估中排名前5%。
2020年2月，广州医科大学8个学科在全国医学领域学科评估中排名前10%。
2020年3月，广州医科大学5个学科在全国医学领域学科评估中排名前10%。
2022年2月，广州医科大学7个学科在全国医学领域学科评估中排名前10%。