福建医科大学在福建是本科批次招生，2020年福建本科一批、二批合并为本科批次。人们习惯于称该学校为“二本”，但是从2020年开始，福建医科大学从二本批次招生变为本科批次招生，所以福建医科大学从2020年以后是一本大学。

学校创建于1937年，为我国创办较早的医学院校之一；1949年，学校与福建省立医院合办；1985年，学校更名为福建医科大学；2013年，学校被福建省确立为“卓越医生教育培养计划”试点高校。