海洋与渔业系是厦门海洋职业技术学院历史最悠久、专业设置最全面的一个系，主要培养海洋渔业、水产养殖、海洋资源开发等领域的人才。航海系则主要培养航海技术、交通运输管理等领域的人才，毕业生可在国内外船务公司、航运公司、港口物流企业等工作。食品与生物科技系主要培养食品科学与工程、生物技术等领域的人才，毕业生可在食品、生物医药、环保等领域从事研究、开发、生产等工作。电子信息系主要培养电子信息工程、计算机科学与技术等领域的人才，毕业生可在电子信息、计算机技术、通信等领域从事研究、开发、应用等工作。经济管理系主要培养经济学、工商管理、财务管理等领域的人才，毕业生可在政府机构、金融机构、企业等单位从事经济分析、管理、投资等工作。继续教育学院则主要负责成人教育、远程教育、职业培训等工作。
总之，厦门海洋职业技术学院的各个学院都具有鲜明的专业特色和优势，可以根据个人兴趣和职业规划来选择适合自己的学院。
