泉州信息工程学院下设6个学院，分别为通信工程系、计算机系、电子系、管理系、经管系和基础部。其中，通信工程系下设通信工程(校企合作)、通信技术、移动通信技术三个专业；计算机系下设计算机科学与技术、计算机应用技术、软件外包开发三个专业；电子系下设电子信息工程、电子信息工程技术、应用电子技术三个专业；管理系下设电子商务、国际经济与贸易、财务管理三个专业；经管系下设物流管理、旅游管理、工商管理三个专业；基础部负责全校思想政治理论课和公共基础课的教学工作。

泉州信息工程学院热门专业有通信工程专业、计算机科学与技术专业、电子信息工程专业、电子商务专业、物流管理专业和旅游管理专业。其中，通信工程专业是一个校企合作的专业，学生可以学到前沿的通信技术知识，就业前景广阔；计算机科学与技术专业是一个发展迅速的专业，学生可以掌握各种编程语言和计算机系统知识；电子信息工程专业是一个理论和实践相结合的专业，学生可以学习到电子技术和信息工程方面的知识；电子商务专业是一个就业前景良好的专业，学生可以掌握电子商务运营和营销知识；物流管理专业是一个实用性强，学生可以学习到物流管理知识；旅游管理专业是一个热门的专业，学生可以学习到旅游管理和酒店管理方面的知识。