齐鲁医药学院有10个学院，分别为药学院、医学院、护理学院、国际护理学院、药械学院、健康科技学院、商学院、健康管理学院、济宁医学院康复学院、继续教育学院。

其中，主干学科有药学、医学、中药学、生物制药等，主要课程包括有细胞生物学、医学物理学、有机化学、生物化学、药物化学、药剂学、药理学、药物分析学、药事管理学、天然药物学、天然药物化学、临床药物治疗学、临床药理学等。

该学院培养了大量的医药行业人才，并受到广泛的赞誉。