南京体育学院是江苏省唯一一所高等体育院校，其专业设置紧跟体育事业发展趋势，专业特色鲜明，办学质量高。在南京体育学院的专业排名中，以下三个专业被认为是最好的：

1. 体育教育：体育教育专业是南京体育学院的传统专业，该专业注重学生的体育教育理论和实践能力的培养，学生毕业后可在中小学、社会体育机构从事体育教学、训练等工作。
2. 运动训练：运动训练专业是南京体育学院的新兴专业，该专业注重学生的运动训练理论和实践能力的培养，学生毕业后可在各级运动队、体育院校、科研机构等单位从事运动训练、科研等工作。
3. 体育健康与管理：体育健康与管理专业是南京体育学院的特色专业，该专业注重学生的健康管理、体育管理、体育营销能力的培养，学生毕业后可在健身俱乐部、康复中心、健康产业等领域从事健康管理、健身指导等工作。

此外，南京体育学院还有其他专业，如舞蹈表演、公共事业管理、运动人体科学等，但上述三个专业在南京体育学院的专业排名中名列前茅。