学校始建于1958年，校名为南京化工学院（大专），1972年更名江苏省化工职工大学，1979年更名南京化工学院（中专），1981年更名江苏省石油化工学校，1998年改建为南京化工职业技术学院，2004年更名南京科技职业学院。
根据2020年招生计划，南京科技职业学院总招生人数为5000人，其中普通专科生4500人，对口专科生300人，五年制高职专科生200人。学校开设的主要专业有能源与动力工程、化学工程与工艺、制药工程、生物工程、环境工程、食品科学与工程、安全工程、材料科学与工程、计算机科学与技术、网络工程、信息管理与信息系统、电子商务、财务管理、会计学、英语、日语等。
此外，南京科技职业学院将继续坚持“以服务为宗旨，以就业为导向”的办学方针，积极推进教育教学改革，加强师资队伍建设，完善教学质量监控体系，加强实验、实训条件建设，加强学生职业技能培养，积极推进校企合作，加强学生就业指导和服务，努力提高人才培养质量和毕业生就业率，为国家和地方经济社会发展做出更大的贡献。
