哈尔滨工程大学双一流学科是控制科学与工程、计算机科学与技术、核科学与技术、船舶与海洋工程、兵器科学与技术。
控制科学与工程：是我国第一部《控制科学与工程学科简史》认定的学科，并被国家标准《学科分类与学科体系》确定为国家一级学科。控制科学与工程是哈工程双一流建设重点支持学科，具有坚实的学科基础、较强的学科优势和宽广的学术视野，现有控制科学与工程一级学科博士点及博士后科研流动站，下设控制理论与控制工程、检测技术与自动化装置、模式识别与智能系统、系统工程、导航制导与控制5个二级学科方向。其中，控制理论与控制工程为国家级重点学科。该学科现有教学和科研人员62人，其中有中国科学院院士1人，国家级突出贡献中青年专家2人，享受政府特殊津贴人员14人。
计算机科学与技术：是信息科学时代的战略性力量，是国家创新发展的重要基础和保障。哈工程计算机学科始终致力于将计算机技术应用于社会发展和人类福祉的改善之中，形成了“计算机科学与技术”这一国家一流学科。
核科学与技术：是哈工程双一流建设重点支持学科之一，拥有全国唯一的核能与核技术学国家重点实验室，形成了从研究到开发、设计、建造和运营的完整的核工业体系。
船舶与海洋工程：是哈工程双一流建设重点支持学科之一，具有悠久的历史和深厚的学术积淀，是我国培养船舶与海洋工程领域高层次人才的重要基地之一。
兵器科学与技术：是哈工程双一流建设重点支持学科之一，拥有全国唯一的国防科技重点实验室，形成了从理论分析到实验测试、从材料制备到武器设计制造完整的兵器科学与技术体系。
