部省合建和教育部直属是两种不同的高校管理体制，两者在管理权限、办学水平、办学经费等方面存在一些差异。

部省合建高校是由教育部和省政府共建的高校，一般是由教育部直接参与建设和管理的，同时由省政府负责提供办学经费、制定发展规划、管理学校日常事务等。部省合建高校的特点是具有较高的办学水平，同时得到了教育部和省政府的双重支持。

而教育部直属高校则是教育部直接管理的高校，一般是由教育部负责管理和监督的。这些高校的办学水平一般也比较高，但与部省合建高校相比，其办学经费一般来自于中央政府的拨款，而非地方政府。

总的来说，部省合建高校和教育部直属高校在管理体制、办学水平、办学经费等方面存在差异，但两者都是我国高等教育的重要组成部分，都具有重要的学术和人才培养价值。