沈阳工业大学工程学院和沈阳工程学院都是辽宁省内知名的本科院校，但是它们在办学层次、学科建设、教学质量等方面存在一定的差异。

沈阳工业大学工程学院是沈阳工业大学的二级学院，具有更高的学术水平和专业特色。学院拥有一支高水平的师资队伍，教学设施和实验设备先进，注重学生的实践能力和创新能力的培养。此外，学院还与多家企业合作，为学生提供了更多的实践机会和就业渠道。

相比之下，沈阳工程学院在办学层次和学科建设方面相对较弱。学院主要培养能源、机械、电气等领域的工程技术人才，学科设置相对单一，缺乏一定的学术水平和专业特色。

因此，从办学层次和学科建设方面来看，沈阳工业大学工程学院更好一些。但是，具体选择哪所学校还要根据个人的兴趣爱好、职业规划、专业需求等方面进行综合考虑。