商业经济系是福建商学院历史悠久的院系之一，成立于1985年，其市场营销专业是福建省高职高专示范专业，商务管理专业是福建省高职高专品牌专业。该系师资力量雄厚，教学设备先进，教学内容丰富多样，教学质量优秀。
会计系是福建商学院重要的院系之一，成立于1984年，其会计专业是福建省高职高专示范专业。该系师资力量雄厚，教学设备先进，教学内容丰富多样，教学质量优秀。
工商管理系是福建商学院重要的院系之一，成立于1985年，其物流管理专业是福建省高职高专示范专业。该系师资力量雄厚，教学设备先进，教学内容丰富多样，教学质量优秀。
信息工程系是福建商学院重要的院系之一，成立于2002年，其计算机应用技术专业是福建省高职高专示范专业。该系师资力量雄厚，教学设备先进，教学内容丰富多样，教学质量优秀。
旅游系是福建商学院重要的院系之一，成立于2004年，其旅游管理专业是福建省高职高专示范专业。该系师资力量雄厚，教学设备先进，教学内容丰富多样，教学质量优秀。
文化创意系是福建商学院重要的院系之一，成立于2015年，其视觉传达设计专业是福建省高职高专示范专业。该系师资力量雄厚，教学设备先进，教学内容丰富多样，教学质量优秀。
国际教育学院是福建商学院重要的院系之一，成立于2003年，其国际商务专业是福建省高职高专示范专业。该院师资力量雄厚，教学设备先进，教学内容丰富多样
