该校设有本科专业28个，其中国家级特色专业2个，省级综合改革试点专业4个。学校拥有一支结构合理、发展趋势良好的师资队伍，其中专任教师570人，高级专业技术职务180人，具有博士、硕士学位的占专任教师总数的80.4％。另外，学校还聘有一批国内外著名专家、学者担任兼职教授。
在学科建设方面，皖南医学院的学科门类较为齐全，覆盖了医、理、工、管、文、法、教等多个领域。其中临床医学是国家级特色学科，也是国家“双一流”建设学科。此外，学校还拥有国家临床重点专科1个，国家中医药管理局重点学科和重点专科4个，安徽省重点学科和重点实验室等省级高水平学科和学科群15个。
综合来看，皖南医学院在学科建设方面取得了较为显著的成果，拥有较为齐全的学科门类和一批国家级和省级高水平学科和学科群。同时，学校师资力量雄厚，教学质量得到了广泛认可。因此，皖南医学院在安徽省乃至全国的高等医学院校中具有较高的综合排名。
