西南交通大学和南京航空航天大学都是国内一流的综合性大学，两所大学各有特点和优势，具体选择还需根据个人兴趣、专业需求和学校排名等因素综合考虑。

西南交通大学是中国著名的交通类高校之一，以工科专业为主，尤其是轨道交通、铁路运输等专业处于国内领先地位。此外，西南交通大学在人文社会科学、经济管理等领域也有较强的学科优势。在国内外大学排名中，西南交通大学多次跻身前100名，是一所备受尊敬的高校。

南京航空航天大学是中国著名的航空航天类高校之一，以工科专业为主，尤其是航空宇航科学与技术、交通运输工程等专业处于国内领先地位。此外，南京航空航天大学在材料科学与工程、电子信息等领域也有较强的学科优势。在国内外大学排名中，南京航空航天大学多次跻身前100名，是一所备受尊敬的高校。

综上所述，西南交通大学和南京航空航天大学都是非常优秀的高校，具体选择还需根据个人兴趣、专业需求和学校排名等因素综合考虑。