南京晓庄学院下设10个专业学院，分别为体育学院、商学院、人工智能学院(未来技术学院)、设计学院、生物科学与工程学院、教师教育学院、数学与统计学院、机械工程学院、马克思主义学院、外国语学院。其中，体育学院拥有体育教育、社会体育指导与管理、休闲体育3个专业；商学院拥有经济学、国际经济与贸易、市场营销、财务管理4个专业；人工智能学院(未来技术学院)拥有智能科学与技术、软件工程、数据科学与大数据技术3个专业；设计学院拥有视觉传达设计、环境设计、产品设计3个专业；生物科学与工程学院拥有生物工程、食品科学与工程、食品质量与安全3个专业；数学与统计学院拥有信息与计算科学、数学与应用数学2个专业。

南京晓庄学院重点专业包括小学教育、汉语言文学、化学、生物科学、视觉传达设计、环境设计。其中，小学教育是学校的特色专业，拥有师范和非师范两个方向，学生可以根据自身情况选择。此外，视觉传达设计和环境设计是学校重点打造的设计类专业，具有很高的教学质量和行业认可度。

南京晓庄学院的学科涵盖了理、工、文、管、教、艺等多个领域，是一所综合性大学。学校注重培养学生的实践能力和创新精神，拥有多个实验室和实践基地，为学生提供了良好的学习环境和就业机会。同时，学校还积极开展国际交流与合作，与多个国家和地区的院校建立了友好合作关系，为学生提供了更多的留学和交流机会。