1. 农学专业：农学专业是该校的重点专业之一，主要涉及农业生物学、农业资源利用、农业生态环境保护等方面的知识，以及农业生产技术和管理技能。
2. 畜牧专业：畜牧专业是该校的另一个重点专业，主要涉及畜牧业生产、动物营养与饲料、动物疫病防治等方面的知识，以及畜牧业管理技能。
3. 食品科学与工程专业：食品科学与工程专业是该校的特色专业之一，主要涉及食品加工、食品质量与安全等方面的知识，以及食品加工技术和管理技能。
4. 农业机械化工程专业：农业机械化工程专业是该校的另一个特色专业，主要涉及农业机械化技术、农业装备与技术等方面的知识，以及农业装备设计与制造技能。
5. 农业经济与管理专业：农业经济与管理专业是该校的另一个特色专业，主要涉及农业经济、农业管理、农业政策等方面的知识，以及农业管理技能。
此外，山东农业工程学院还有其他的专业和学科领域，但这些专业和学科领域不是该校的重点发展领域。因此，上述重点学科和重点专业是该校主要的学科和专业设置。
