1. 农业机械化及其自动化专业：该专业是山东农业工程学院的重点建设专业之一，也是山东省的特色专业。该专业培养具备农业机械及其自动化装置的设计制造、安全控制、使用维修等方面的知识和技能的高级工程技术人才。毕业生可在农业机械生产、科研、设计、教学、营销、管理等领域就业，也可继续攻读硕士、博士学位。
2. 动物科学专业：该专业是山东农业工程学院的特色专业之一，也是山东省的品牌专业。该专业培养具备动物科学相关理论知识和实践技能，能够在畜牧业领域从事技术推广、养殖场管理、饲料及原料生产等相关工作的高级技术人才。毕业生可在养殖企业、饲料企业、畜牧管理部门、技术支持与技术服务机构等单位就业，也可继续攻读硕士、博士学位。
3. 食品科学与工程专业：该专业是山东农业工程学院的特色专业之一，也是山东省的品牌专业。该专业培养具备食品科学基础理论知识和实践能力，能够在食品领域从事生产、研发、质量安全管理等相关工作的高级技术人才。毕业生可在食品加工企业、食品质量安全监管部门、食品营养与健康研究机构等单位就业，也可继续攻读硕士、博士学位。
4. 计算机科学与技术专业：该专业是山东农业工程学院的特色专业之一，也是山东省的品牌专业。该专业培养具备计算机软件与理论、计算机应用技术等方面的基本理论、基本知识和基本技能，能够在计算机科学、计算机软件与理论、计算机应用技术等领域从事研究、设计、制造、应用与开发的高级专门人才。毕业生可在计算机系统结构、硬件、软件和应用等方面从事研究、设计、制造、应用与开发等工作，也可在计算机科学领域继续深造。
