新疆医科大学共有3个学院设有专科专业，分别是公共卫生与疾传染病学院、基础医学院、护理学院。其中，公共卫生与疾传染病学院设有医学检验技术、医学影像技术、生物医学、医学实验技术4个专科专业；基础医学院设有医学检验技术、医学影像技术2个专科专业；护理学院设有护理、护理涉外双语3个专科专业。此外，公共卫生与疾传染病学院还设有药物制剂、生物制药、卫生检验与检疫技术3个本科专业。