安徽中医药大学有基础医学院、药学院、护理学院、人文社会科学学院、公共外语教学部、第一临床医学院（附属医院）、第二临床医学院（附属医院）、针灸推拿学院（附属医院）、研究生院、国际教育学院、科技学院、临床医学院、中医经典课程教研室、研究生附属医院、临床药理研究基地、中医药高专基础部等16个直属学院及教研室、实验中心和办公室。另外还有46个二级学科硕士学位授权点，9个二级学科硕士学位授权点，4个专业硕士学位授权点，12个工程硕士招生领域，1个临床医学一级学科硕士学位授权点，5个一级学科下自主设置二级学科硕士学位授权点，1个一级学科博士学位授权点，4个一级学科博士后科研流动站，1个国家中医药管理局中医药国际合作基地，1个教育部工程研究中心，1个教育部重点实验室，1个国家中医药管理局重点研究室，2个国家中医药管理局三级实验室，1个国家临床教学培训示范中心，2个教育部来华留学示范基地，1个国家中药现代化产业基地（合肥）中心，1个国家中药质量研究中心一分中心，1个国家中药资源中心（分中心），1个教育部重点实验室，1个教育部工程研究中心，1个教育部重点研究基地，1个卫生部重点实验室，1个卫生部科研基地，1个国家中医药管理局重点研究室，2个国家中医药管理局三级实验室，1个国家临床教学培训示范中心，1个教育部来华留学示范基地，2个国家中药质量研究中心一分中心，1个国家中药资源中心（分中心），20个省级重点学科，47个省级重点实验室、工程技术研究中心、质量监督控制中心等。